O Cadastro Nacional dos Valores Naturais Classificados foi criado pelo Decreto-Lei n.º 142/2008, de 24 de julho, republicado pelo Decreto-Lei n.º 242/2015, de 15 de outubro que estabelece o Regime Jurídico da Conservação da Natureza e da Biodiversidade (RJCNB). De acordo com o nº 1 do Artigo 29.º, do RJCNB, o cadastro é “um arquivo de informação sobre os valores naturais classificados e as espécies vegetais ou animais a que seja atribuída uma categoria de ameaça pela autoridade nacional de acordo com critérios internacionais definidos pela The World Conservation Union (IUCN)”. Foram assim incluídos no Cadastro os valores naturais classificados, isto é, sujeitos a um regime legal de proteção, do Continente. Relativamente às Espécies da flora e da fauna, foram também incluídas aquelas às quais foi atribuída a categoria de ameaça (Criticamente em Perigo, Em Perigo e Vulnerável), pela Autoridade Nacional de Conservação da Natureza e da Biodiversidade ou por outra entidade com a chancela da autoridade nacional, independentemente de serem ou não classificadas.

A proposta de Cadastro incide sobre os seguintes temas:
1 - Territórios
2 - Habitats naturais
3 - Espécies da Fauna e Espécies da Flora
4 - Geossítios